为明确我国马铃薯 Y 病毒（Potato virus Y，PVY）株系组成及其在不同寄主上的分布特征，文章对31条PVY中国分离物的基因组编码区进行了系统发育及重组分析。系统发育分析结果显示，最大似然法（Maximum Likelihood, ML）和邻接法（Neighbor-joining，NJ）重建的系统发育拓扑结构基本一致，GF_YL20、FZ10、DF、SD1、1116和9703-3等6个分离物均未与已知株系相聚，其他株系来源相同的分离物以较高的自展值相聚成簇，显示出较强的株系特异性。重组分析显示， 31个PVY分离物中，共有28个PVY分离均检测到具有显著的重组信号，这些分离物主要包括PVY^N-Wi、PVY^NTN和PVY^NTN-NW三种株系。进一步分析显示，分离物1104、DF、SD1、1116和9703-3为未报道过的PVY新重组分离物。株系统计结果显示PVY重组株系已上升为优势株系，生产上需要密切注意这些株系，尤其新重组分离物的发展动态。以上结果表明，综合应用PVY全基因组序列的系统发育和重组分析，可以实现PVY株系准确的鉴定。